طبق ماده یک «قانون تشکیل سازمان پزشکی قانونی کشور»، هدف از تأسیس این سازمان عبارت است از؛
1- اظهار نظر در امور پزشکی قانونی و کارشناسی آن، کالبدشکافی و انجام امور آزمایشگاهی و پاراکلینیکی به دستور مراجع ذیصلاح قضایی؛
2- پاسخ به استعلامات ادارات و سازمانهای وابسته به قوه قضاییه و سایر دستگاههای دولتی؛
3- اجرای برنامههای کارآموزی پزشکی قانونی و بررسی صلاحیت علمی داوطلبان خدمت پزشکی قانونی در سازمان؛
4- همکاری علمی و انجام امور آموزشی و پژوهشی مورد نیاز دانشگاهها که برای پیشبرد اهداف سازمان و دانشگاهها مفید میباشد؛
5- تبادل اطلاعات علمی مورد نیاز با مراکز آموزشی داخل و خارج کشور.